こんにちは！
非営利法人を専門とする会計事務所、アダムズグループの浜田です。

本部経費の支出に関する事前協議を作成していく中で、本部経費に法人税等を含めてもよいかという質問を受けることがあります。
前期末支払資金残高の取崩しにより支出することのできる本部経費は人件費及び事務費とされており、法人税等は含まれていないため不可ということになります。

ただし、認可保育所から支出できないわけではありません。
経理等通知では弾力運用の要件を満たすと別表２～５の経費を支出することができるとされており、その中には租税公課もあります。
この租税公課については、経理等通知の運用等について（２２８号通知）の問９において、法人税等も含まれるとされており、このため法人税等は弾力運用の限度額の範囲内で支出できるということになります。

合理的な基準で按分していれば、認可保育所からも法人税等を負担させることができるので、弾力運用の額に余裕があれば検討してみてください。