こんにちは！
非営利法人を専門とする会計事務所、アダムズグループの浜田です。

最近相談を受けることが多いので、本部職員の人件費について書いていきます。

本部の職員のうち特定の人は保育園の業務しかしていないので、従事割合などで按分して直接園の費用に計上することはできませんか？というお話がよくあります。
以前は曖昧だったのですが、近年の監査では本部に所属する職員の人件費は、例え保育園の業務しかしていなくとも、事前協議によって支出すべきという方針になっています。
実際に指摘を受けている園も見たことがあります。

直接園の人件費として計上できるのは、その園専任で所属している職員に限ります。
厳しい自治体の場合、園に計上した人件費分を本部から返還するように指示される可能性もありますので、事前協議の申請額に含めるようにしましょう。